Az aláírás előtti napon egyértelművé vált, hogy az RMDSZ "ellenzékeként" számon tartott politikai erők nem támogatják egységesen a református püspököt. Az EMNT állandó bizottsága előzőleg ugyan felhatalmazta őt a megállapodás aláírására, de a testületben sem a Székely Nemzeti Tanács (SZNT), sem a Magyar Polgári Párt (MPP) nem vett részt a szavazáson.
Az SZNT ráadásul közleményben nyilvánította ki "függetlenségét" az EMNT-től. Izsák Balázs akkor az MTI-nek elmondta, hogy tulajdonképpen egy éveken át "tisztázatlan" viszonyt próbáltak világossá tenni, vagyis azt hangsúlyozni, hogy az SZNT-t a továbbiakban nem kötelezi semmiféle döntés, amely az EMNT-n belül születik.
A Krónika pénteki számában az SZNT elnöke emlékeztetett: a Székelyföld autonómiájáért síkraszálló testületnek az EMNT-ből történő kiválása már 2005-ben napirendre került, de akkor elnapolták a döntést. "Elnökké választásom óta az EMNT vezetősége többször sürgette a két testület viszonyának rendezését, ám amikor partneri viszonyt, az együttes ülések rendszeresítését szorgalmaztuk, azt a választ kaptuk: a rész nem lehet partner az egésszel, vagyis az SZNT része az EMNT-nek". Izsák Balázs szerint azonban utóbb kiderült: az EMNT és az RMDSZ közötti paktum megkötése miatt nem lehet tovább halasztani az SZNT önállósodását.
Izsák Balázs hangsúlyozta: nem a megállapodásának tényét, hanem annak tartalmát kifogásolja. Hiányolja például, hogy abba nem került be a székelyföldi autonómiáról szóló törvénykezdeményezés támogatása. Ennél is hevesebben kifogásolja az SZNT, hogy a választási megállapodás értelmében a felek támogatják az RMDSZ által a parlament elé terjesztett kisebbségi törvénytervezetet. Izsák emlékeztet: a dokumentumot 2005-ben több más erdélyi magyar szervezettel együtt az SZNT és az EMNT közös állásfoglalásban elfogadhatatlannak nyilvánította, mivel szerintük az adós marad a kisebbségi közösségek valós autonómiájával.
Tőkés László az MTI bukaresti irodájába is eljuttatott állásfoglalásában elutasítja az őt ért bírálatokat. Erdély ügyét nem politikai, hanem elsősorban erkölcsi kérdésnek tekinti - írta, szorgalmazva, hogy a romániai magyarság számára a nemzeti autonómia közös ügye legyen a "nemzeti minimum". "Ehhez pedig az kell, hogy ne legyőzni, hanem megnyerni akarjuk egymást. Ezt jelenti az összefogás. Nem a szűkkeblű és kirekesztő egységet, és nem az elvtelen megalkuvást" - szögezte le a püspök.